По версии следствия, в 2010-2012 годах подозреваемая при выполнении хозяйственных операций уклонилась от уплаты НДС в особо крупном размере в сумме более 13 миллионов рублей. В бухгалтерскую отчетность и налоговые декларации включались заведомо ложные сведения о перечислении НДС в адрес поставщиков товаров и услуг по фиктивным договорам, неправомерно заявив налоговые вычеты по НДС, а также путем занижения налоговой базы по НДС, в связи с реализацией имущества по заниженной стоимости.

Уголовное дело возбуждено на основании материалов, представленных ИФНС России  по городу Архангельску и УЭБиПК УМВД России по Архангельской области.

В настоящее время Елена Ивакина отбывает наказание в виде шести лет лишения свободы в исправительной колонии общего режима по приговору Архангельского областного суда от 23 июля 2014 года . Она признана виновной в растрате зерна, являющегося частью государственного резерва, и мошенничестве, совершенных в особо крупном размере. Расследованием дела занималось Региональное управление ФСБ России по Архангельской области, сообщает региональный СУСК.