Посёлок Самодед возник благодаря строительству в 1925 году лесопильного завода Пермиловского леспромхоза в районе железнодорожного разъезда на 493 версте Северной железной дороги. Название получил по имени участника Гражданской войны, военного комиссара Григория Ивановича Самодеда, уроженца Черниговской губернии. В 1919 году Григорий Самодед участвовал в защите станции Плесецкой от англо-американских интервентов.

В годы Великой Отечественной войны посёлок активно участвовал в обеспечении Красной Армии обмундированием и продовольствием, оказывал помощь семьям фронтовиков, занимался размещением эвакуированных жителей.

В 2013 году рабочий посёлок Самодед был преобразован в сельский населённый пункт, а Самодедское городское поселение – в Самодедское сельское поселение.

С июня 2005 года в поселке Самодед был открыт приход по благословлению Епископа Архангельского и Холмогорского Тихона и назначен председателем прихода благочинный протоиерей настоятель Свято–Ильинского кафедрального Собора Архангельска Владимир (Кузив). Приход находился в домовом Храме по улице Новая Биржа. В 2007 году домовой храм в поселке Самодед посетил Епископ Тихон и сказал надо строить церковь и в 2008 году был установлен пяти метровый деревянный поклонный крест, а затем освящено место под строительство Храма в честь Иверской иконы Божией Матери на территории бывшего Пермиловского лесозавода в 20 метрах от реки Ваймуги в центре поселка Самодед.

2 мая 2016 года в поселке состоялся престольный праздник  Иверской иконы Пресвятой Богородицы.

В крестном ходе приняли участие северодвинцы Игорь Воронцов и Игорь Усачев, представляющие в этой поездке Северодвинское отделение общественной организации «Офицеры России».