Услуга онлайн-оплаты налогов индивидуальными предпринимателями посредством сервисов ФНС России не предусмотрена функционалом сервиса Личный кабинет ИП. В соответствии с пунктом 4 статьи 58 Налогового кодекса РФ  уплата налога осуществляется в наличной или безналичной форме. Налогоплательщик самостоятельно определяет наиболее удобный для него способ оплаты налоговых платежей. Возможность оплачивать налоги как в онлайн-режиме, так и в наличной форме реализована на официальном сайте Федеральной налоговой службы с помощью интерактивных сервисов ФНС России через интернет-сервисы кредитных организаций, заключивших с ФНС России соглашения об информационном взаимодействии при осуществлении платежей физических лиц. При этом ключевым условием является безвозмездное перечисление налогов кредитными организациями – без взимания комиссии (пункт 2.2.6 указанного соглашения).

Таким образом, индивидуальный предприниматель может осуществлять онлайн-оплату налогов только в качестве физического лица.
Вместе с тем индивидуальный предприниматель может воспользоваться интерактивным сервисом «Заполнить платежное поручение», позволяющим подготовить платежные документы на перечисление налогов, сборов и иных платежей в бюджетную систему Российской Федерации в электронном виде.
В настоящее время в рамках реализованного Федеральной налоговой службой пилотного проекта налогоплательщикам всех категорий предоставлена возможность представления налоговой и бухгалтерской отчетности в налоговые органы с использованием электронной подписи налогоплательщика через официальный сайт ФНС России с помощью сервиса «Представление налоговой и бухгалтерской отчетности в электронном виде» (http://nalog.ru/rnXX/service/pred_elv/, где XX – код соответствующего субъекта Российской Федерации).
Сертификат ключа квалифицированной электронной подписи можно получить в любом удостоверяющем центре, аккредитованном в Министерстве связи и массовых коммуникаций Российской Федерации. Перечень удостоверяющих центров доступен по адресу www.minsvyaz.ru в разделе «Аккредитация удостоверяющих центров».
Дополнительная информация размещена на стартовой странице сервиса «Представление налоговой и бухгалтерской отчетности в электронном виде».
Инспекция обращает внимание, что данный сервис позволяет направлять в налоговые органы в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи налоговую и бухгалтерскую отчетность, за исключением налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость (далее – НДС), согласно пункту 5 статьи 174 Кодекса.
Налогоплательщики НДС (в том числе являющиеся налоговыми агентами), а также лица, указанные в пункте 5 статьи 173 Кодекса, обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота.